YaPEIM ditadbir oleh sebuah Lembaga Pemegang Amanah (LPA) yang dilantik oleh YAB Perdana Menteri Malaysia. LPA YaPEIM adalah terdiri daripada tokoh serta pakar di dalam pelbagai bidang. Ketua Pengarah YaPEIM adalah Setiausaha LPA YaPEIM.
Nota:
PANEL PERUNDING/JAWATANKUASA KHAS
Pengurusan YaPEIM juga diperkukuhkan oleh Panel Perunding/Jawatankuasa Khas yang memberi nasihat dan buah fikiran terhadap perancangan dan perjalanan YaPEIM dari semasa ke semasa.